本文主要向大家介绍了MySQL数据库之利用mysql客户端查询UCSC数据库 ，通过具体的内容向大家展现，希望对大家学习MySQL数据库有所帮助。

 

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息，并提供一系列的网页分析工具。

1.MySQL安装


本人使用的是Centos6.8系统，推荐使用yum安装。


$ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server


2.MySQLdb安装


MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口，提供了python数据库API，推荐yum安装。


$ yum install -y MySQL-python


3.使用脚本geneInfo.py获得基因（注，为geneSymbol名）的bed信息


$ python geneInfo.py brca1

【参考列表】

UCSC数据库


UCSC数据库表结构

本文由职坐标整理并发布，希望对同学们学习MySQL有所帮助，更多内容请关注职坐标数据库MySQL数据库频道！